Kerja sama antar daerah/pemerintah di Indonesia merupakan sebuah konsep yang semakin relevan dan penting dalam konteks otonomi daerah. Secara fundamental, konsep ini merujuk pada upaya kolaboratif antara dua atau lebih pemerintah daerah, kerjsama daerah dengan perorangan dan Kerjasama daerah dengan organisasi masyarakat lainnya,  baik di tingkat provinsi, kabupaten, maupun kota, bahkan internasional. Dalam era otonomi daerah, di mana setiap daerah memiliki mandat untuk mengembangkan potensi masing-masing serta mandat mulia meningkatkan kesejahteraan masyarakatnya, kerjasama pemerintah tampil sebagai salah satu instrumen strategis untuk mencapai tujuan pembangunan dengan memanfaatkan kekuatan dan mengatasi kelemahan yang dimiliki oleh setiap daerah secara individual. Landasan konstitusional untuk melakukan kerjasama daerah berakar pada prinsip persatuan dan amanat untuk pembangunan regional yang merata.